在合理施用生物菌肥时应注意以下几点：
1.选择证件齐全含菌量高的名牌产品。
2．生物肥料本身养分含量低，必须与其他肥料搭配施用。在施用微生物肥料时，由于微生物肥料中的微生物具有固氮、解磷、解钾、抑菌、活化土壤、提高养分利用率的作用，因此施用这类肥料后，可以适当减少化肥的施用量。
3．生物肥料中的微生物需要在含水适宜的土壤中才能生长和繁殖，因此土壤湿度不能过干过湿。
4．生物肥料不能和杀菌剂同时使用。
5．生物肥料不论是做基肥，还是追肥，都不能暴露在土壤表面。由于阳光照射，使微生物的活性下降。
6．注意生产日期，放置时间过长的微生物肥料中的微生物的活性下降。
7．冬春季保护地中的地温低，低温微生物的生长繁殖变慢、活性下降。应提高地温，用秸秆覆盖，有利于提高地温，增强微生物活性的作用。
